ArrayExpress数据库中biostudies数据库文件下载问题

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省流:biostudies数据库 使用FTP下载(使用ftp传输工具:例如filezilla)

最近想要下载一个数据集 非常不稳定,前一天还下载了他的样本信息文件

第二天发现,下载任何一个文件到本地都是显示0kb,不能下载。

辗转试了Aspera windows版 FTP Globus 均失败

外网中查询发现Failed to download data from EBI BioStudies with ascp/Aspera

biostars网站中问题:无法使用 ascp/Aspera 从 EBI BioStudies 下载数据
ArrayExpress数据库中biostudies数据库文件下载问题

“我已经测试并得出结论,从 BioStudies 下载 Aspera 存在问题(ENA 和 BioStudies 在技术上是不同的数据库)。也许他们的 Aspera 服务器配置错误。用户未被接受,用户可以登录但无法查看文件。不过,通过 FTP 下载可以正常工作。”

关键是我不想ENA数据库下载,ENA数据库只有原始的fastq文件,而我想要的下游文件只在biostudies中有。
最终解决方案:使用filezilla软件连接ftp.ebi.ac.uk进行传输,虽然也不是很稳定,但是在网络环境好的时候多试几次总能成功,如果要下批量的fastq等大型文件建议还是直接去对应的ENA数据库中使用aspera下载,在biostudies页面右侧会有链接直接指向这个数据集的ENA数据库链接。

sheep
版权声明:本文于2024-12-07转载自Failed to download data from EBI BioStudies with ascp/Aspera,共计575字。
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